É um dos principais centros para o tratamento de doença respiratória em idade pediátrica (incluindo patologia neonatal). Apresenta uma equipa multidisciplinar, cujas principais áreas de especialização são: Fibrose Quística (Centro de Referência Nacional) com Protocolo de Colaboração com Unidades de Transplante pulmonar, Centro de Doentes Dependentes de Tecnologia Respiratória (nomeadamente doentes neuromusculares), Laboratório de Sono Pediátrico, Programa de Discinésia Ciliar Primária e Programa Organizado de Transição para adultos. Realiza técnicas como Endoscopia Respiratória e técnicas de Função Respiratória .
